Pendant la guerre, Yahiko, Nagato et Konan ont été témoins des horreurs de la guerre et ont décidé qu'ils créeraient un jour un monde sans guerre ni douleur. Ils formèrent l'Akatsuki, une organisation dédiée à parvenir à la paix par tous les moyens nécessaires.
Au départ, l'Akatsuki était une petite organisation qui se concentrait sur l'aide aux petits villages et aux pays touchés par la guerre. Cependant, à mesure que l'organisation gagnait en pouvoir et en influence, elle commença à attirer l'attention des plus grands villages shinobi. Les villages ont commencé à considérer l'Akatsuki comme une menace et ont commencé à prendre des mesures contre l'organisation.
Sous la pression des villages, l'Akatsuki a commencé à changer. Il est devenu plus militarisé et a commencé à se concentrer sur l’obtention du pouvoir plutôt que sur la paix. L’organisation a commencé à recruter des criminels de rang S et est devenue de plus en plus impitoyable dans ses méthodes.
Finalement, l'Akatsuki fut vaincu par Naruto Uzumaki et ses amis, et ses membres furent dispersés à travers le monde. Cependant, l’héritage de l’Akatsuki continue de perdurer et reste un symbole des dangers de l’extrémisme.