Le point culminant : Les X-Men et leurs alliés affrontent Sebastian Shaw et son équipe de méchants mutants dans une confrontation finale à bord d'un sous-marin nucléaire. Erik Lehnsherr (Magneto) cherche dans un premier temps à se venger des atrocités commises contre les mutants, menaçant d'utiliser les missiles nucléaires du sous-marin pour détruire le monde.
Le tournant : Charles Xavier (Professeur X) intervient, faisant appel à l'humanité d'Erik et lui rappelant que leur véritable objectif est de protéger les mutants, pas de détruire l'humanité. Ce moment de connexion entre les deux amis renverse le cours de la bataille.
La victoire : Les X-Men, avec l'aide de Moira MacTaggert, parviennent à désarmer les missiles et à vaincre Shaw et son équipe.
La fin douce-amère : S'ils ont obtenu une victoire provisoire, le film se termine sur une note mélancolique :
* La trahison d'Erik : Erik, bien qu'il soit influencé par les paroles de Charles, se sent toujours profondément blessé par la persécution des mutants et s'éloigne pour commencer son propre chemin, suggérant un futur conflit potentiel avec Charles et les X-Men.
* La culpabilité de Charles : Charles a le cœur brisé par le départ d'Erik et porte le fardeau de sa propre culpabilité face à la tragédie de la crise des missiles de Cuba, qu'il a sans le savoir contribué à éviter, mais au prix de milliers de vies.
* Une nouvelle ère commence : Le film se termine avec la formation des X-Men en tant qu'équipe dédiée à la protection des humains et des mutants, mais avec un sentiment d'incertitude quant à l'avenir et à la menace potentielle posée par le ressentiment croissant d'Erik Lehnsherr.
La fin laisse une question persistante : Erik et Charles resteront-ils dans des camps opposés ou trouveront-ils un moyen de combler leurs différends ? Cette question prépare le terrain pour l’avenir de la franchise X-Men.