Il est né à Davao City, Davao, aux Philippines, et était marié à Mercedes Cacho. Il était le père de l'ancienne maire de Davao City, Sara Duterte, de la fille vice-présidentielle Inday Sara Duterte-Carpio et de l'ancien membre du Congrès du 3e district de Davao, Paolo "Pulong" Duterte.
Vétéran de la politique à Davao City, Alvarez est entré en politique pour la première fois en 1965, lorsqu'il a été élu vice-maire de la ville. Ses deux mandats de maire ont été marqués par une campagne contre les rebelles musulmans dans la région et par un programme de développement économique agressif. Il a également soutenu la présidence de Ferdinand Marcos.
Pendant la loi martiale, Álvarez a été élu représentant du 3e district de Davao en 1978. Il a été réélu en 1980 et 1984. Il faisait partie intégrante de l'appareil de Marcos et était un allié du défunt président.
Lorsque Marcos a été renversé lors de la Révolution du pouvoir populaire en 1986, Alvarez a changé de camp et a rejoint le gouvernement de la présidente Corazon Aquino. Il est ensuite nommé secrétaire à la Défense nationale.
En 1987, il a été nommé administrateur de la Philippine Coconut Authority. Il a servi jusqu'en 1990.