Antagonistes majeurs :
* Magnéto : Le méchant le plus emblématique des X-Men, Magneto est un puissant mutant capable de manipuler le magnétisme. Il croit que les mutants sont supérieurs aux humains et devraient gouverner le monde, ce qui entre souvent en conflit avec le rêve de coexistence pacifique du professeur X.
* Apocalypse : Puissant et ancien mutant doté de la capacité d'absorber les pouvoirs des autres, Apocalypse cherche à nettoyer le monde et à créer un nouvel ordre avec lui-même comme dirigeant.
* Dents de sabre : Mutant sauvage et brutal doté de sens améliorés, d'une force surhumaine et de capacités de régénération, Sabertooth est un prédateur implacable et un ennemi juré de Wolverine.
* Mystique : Maître de la métamorphose et de la tromperie, Mystique est un espion et un assassin talentueux qui opère souvent dans l'ombre. Elle entretient une relation complexe avec les X-Men, agissant parfois comme une alliée et d'autres fois comme un ennemi impitoyable.
* La Confrérie des Mutants : Un groupe de mutants dirigé par Magneto qui croit que les humains sont l'ennemi et que les mutants doivent gouverner. Ce groupe a inclus de nombreux membres au fil des ans, dont Toad, Pyro et Blob.
Autres adversaires notables :
* M. Sinistre : Un généticien brillant mais impitoyable, obsédé par la manipulation de l'évolution des mutants.
* Le Juggernaut : Une force imparable de la nature dotée d'une force et d'une invulnérabilité immenses.
* Les Sentinelles : Des robots puissants conçus pour chasser et détruire les mutants.
* Le Hellfire Club : Une organisation exclusive et puissante qui cherche à contrôler les puissances mutantes à leurs propres fins.
* William Stryker : Un chef militaire qui croit que les mutants constituent une menace pour l'humanité et cherche à les éliminer.
Organisations :
* AIM (Advanced Idea Mechanics) : Une organisation scientifique qui s'intéresse souvent à des technologies dangereuses et qui s'est heurtée à plusieurs reprises aux X-Men.
* Hydre : Une organisation terroriste mondiale qui cherche depuis toujours à contrôler les puissances mutantes.
* Les Purificateurs : Un groupe fanatique d'humains qui croient que les mutants sont un fléau pour le monde.
Il est important de noter que les X-Men ont affronté de nombreux autres adversaires au cours de leur longue histoire, mais ceux-ci font partie des ennemis les plus notables et récurrents. Les ennemis des X-Men reflètent les thèmes complexes des préjugés, de la peur et de la lutte pour l'égalité qui sont tissés tout au long de la franchise.