Cependant, au fur et à mesure que l'histoire avance, des tensions surgissent lorsqu'un groupe sélectionné de porcs commence à manipuler et à exploiter leurs congénères. Le conflit s'intensifie lorsque les cochons, menés par le sanglier rusé et autoritaire Napoléon, commencent à modifier les Sept Commandements, les principes directeurs de la ferme, pour servir leurs propres intérêts.
Napoléon et ses congénères cochons assument progressivement des rôles de leadership et établissent un système hiérarchique qui les place au-dessus des autres animaux. Cela conduit à une profonde division au sein de la communauté animale, car Napoléon et ses acolytes bénéficient de privilèges et de luxe tandis que le reste des animaux peine à entretenir la ferme.
Le conflit tourne autour de la quête de pouvoir des cochons et de la lutte des autres animaux pour maintenir les idéaux de leur rébellion initiale. En fin de compte, l'exploration par Animal Farm des défis liés à la promotion d'une véritable égalité devient une critique des sociétés totalitaires et de la corruption d'idéologies apparemment nobles.