Matilda est également confrontée au problème de faire face à la tyrannique directrice de son école, Miss Trunchbull, dont les méthodes dures et oppressives créent un environnement hostile pour les étudiants. Matilda devient déterminée à s'opposer à elle, en utilisant ses extraordinaires pouvoirs mentaux, dont la télékinésie, pour dénoncer la cruauté et l'incompétence de Miss Trunchbull et apporter des changements positifs dans l'école.
Un autre problème auquel elle est confrontée est d'obtenir justice pour Miss Honey, une enseignante au bon cœur qui a été mal traitée par Miss Trunchbull. Les efforts de Matilda pour aider Miss Honey ont finalement conduit au retrait de Miss Trunchbull et à un environnement plus heureux pour les élèves de l'école.