Le Meurtre de l'Orient Express aborde le thème de l'identité et ses complexités. Le roman présente plusieurs personnages aux origines, cultures et agendas divers, chacun cachant une identité cachée ou portant des secrets. Poirot, le détective, doit regarder au-delà de la surface pour déterminer les véritables caractères et motivations des passagers.
Le thème de la justice joue également un rôle important dans l'histoire. Poirot cherche non seulement à résoudre le crime, mais également à garantir que justice soit rendue. Les passagers sont confrontés à un dilemme éthique lorsqu'ils se réunissent pour décider du sort du meurtrier. Ils doivent déterminer s’ils doivent suivre des procédures juridiques strictes ou prendre les choses en main pour parvenir au sentiment de justice qu’ils estiment nécessaire.
Le roman soulève des questions intrigantes sur les complexités de l’identité humaine, l’ambiguïté de la moralité et la quête de vérité et d’équité.