Les trous d'une clarinette sont appelés trous de tonalité. Lorsqu'un trou de tonalité est ouvert, il permet à une partie de l'air de s'échapper de la colonne d'air, ce qui raccourcit la colonne et augmente la hauteur du son. Lorsqu'un trou de tonalité est fermé, il bloque la sortie de l'air de la colonne d'air, ce qui allonge la colonne et abaisse la hauteur du son.
La hauteur spécifique de chaque note est déterminée par la longueur de la colonne d'air et la tension de l'anche. La tension de l'anche est contrôlée par l'embouchure du joueur, ou par la façon dont il tient sa bouche et souffle dans l'embout.