Cette difficulté est la plus simple du jeu et elle est généralement considérée comme plus indulgente que les autres niveaux de difficulté. Les ennemis sont moins agressifs et ont moins de santé, et le jeu donne au joueur plus de vies et continue.
Difficile :cette difficulté est plus difficile que la difficulté normale, mais elle reste relativement indulgente. Les ennemis sont plus agressifs et ont plus de santé, et le jeu donne moins de vies au joueur et continue.
Très difficile :C'est le niveau de difficulté le plus difficile du jeu, et il est très impitoyable. Les ennemis sont extrêmement agressifs et ont beaucoup de santé, et le jeu donne très peu de vies au joueur et continue. Cette difficulté n'est pas recommandée aux débutants ou aux joueurs occasionnels.
En plus des trois niveaux de difficulté principaux, il existe également un certain nombre de difficultés secrètes qui peuvent être débloquées dans le jeu. Ces difficultés secrètes sont encore plus difficiles que la difficulté Très Difficile et ne sont recommandées qu'aux joueurs de Sonic Heroes les plus expérimentés.