Le père de Bruno est promu commandant d'Auschwitz et la famille déménage au camp de concentration. Bruno est confus et bouleversé par les changements survenus dans sa vie. Il ne comprend pas pourquoi il doit abandonner ses amis et sa maison, et il ne comprend pas ce qui arrive aux gens dans le camp de concentration.
Bruno rencontre Shmuel.
Un jour, Bruno explore l'enceinte du camp de concentration lorsqu'il aperçoit un jeune garçon de l'autre côté de la barrière. Le garçon porte un pyjama rayé et il a l'air très triste. Bruno commence à parler au garçon et ils deviennent amis. Shmuel raconte à Bruno sa vie dans le camp de concentration et Bruno commence à comprendre les horreurs de ce qui se passe.
Bruno se faufile dans le camp de concentration.
Un jour, Bruno décide de se faufiler dans le camp de concentration pour rendre visite à Shmuel. Il enfile un pyjama rayé et se faufile à travers la clôture. Bruno retrouve Shmuel et ils passent la journée ensemble. Ils jouent à des jeux, parlent et rient. Bruno se rend compte que même dans les moments les plus sombres, il y a encore de l'espoir.
Bruno et Shmuel sont tués.
Le lendemain, Bruno et Shmuel sont capturés par les nazis. Ils sont emmenés dans une pièce et reçoivent une injection mortelle. Bruno et Shmuel meurent ensemble et leurs corps sont brûlés au crématorium.
Le garçon au pyjama rayé est une histoire puissante et émouvante sur l’Holocauste. C'est une histoire d'amitié, d'innocence et de pouvoir de l'espoir.