L'histoire se déroule à Naples et raconte l'histoire de deux jeunes hommes, Ferrando et Guglielmo, amoureux de deux sœurs, Fiordiligi et Dorabella. Les hommes sont convaincus que leurs bien-aimés sont fidèles, mais Don Alfonso, un ami plus âgé, les défie à un pari. Il parie qu'il peut faire tomber les femmes amoureuses d'autres hommes.
Le plan de Don Alfonso consiste à convaincre Ferrando et Guglielmo de faire semblant de partir en guerre. Dès leur départ, il présente deux nouveaux hommes aux femmes, Donati et Iocane. Les hommes courtisent les femmes et, au début, ils résistent à leurs avances. Cependant, avec le temps, ils commencent à s’affaiblir.
Finalement, Ferrando et Guglielmo reviennent de la guerre. Ils sont choqués et navrés de constater que leurs fiancées ont été infidèles. Cependant, Don Alfonso révèle que tout cela n'était qu'une ruse. Il voulait montrer aux hommes que les femmes ne sont pas toujours aussi fidèles qu'elles le paraissent.
Cosi fan tutte est un opéra-comique, mais il contient aussi des éléments de tragédie. Les personnages sont confrontés à des choix difficiles et doivent finalement décider de ce qui est le plus important pour eux. L'opéra est une exploration de l'amour, de la fidélité et de la nature des relations humaines.