Améliorateurs : ce sont des séquences d'ADN qui se lient aux facteurs de transcription et favorisent la transcription des gènes voisins. Par exemple, l’amplificateur du locus des chaînes lourdes des immunoglobulines est responsable du niveau élevé d’expression de ces gènes dans les cellules B.
Promoteurs : ce sont des séquences d'ADN qui se lient à l'ARN polymérase et initient la transcription des gènes. Par exemple, le promoteur du gène de l’hormone de croissance humaine est responsable de l’expression de ce gène dans l’hypophyse.
Silencieux :ce sont des séquences d'ADN qui se lient aux facteurs de transcription et répriment la transcription des gènes voisins. Par exemple, le silencieux du gène de la β-globine humaine est responsable de la répression de ce gène dans les cellules non érythroïdes.
Séquences trans-agissantes :
Facteurs de transcription :ce sont des protéines qui se lient aux séquences agissant en cis et régulent la transcription des gènes. Par exemple, le facteur de transcription Oct-1 se lie au motif octamère de l’amplificateur de chaîne lourde de l’immunoglobuline et favorise la transcription de ces gènes dans les cellules B.
ARN polymérase :Il s'agit d'un complexe protéique qui se lie aux promoteurs et transcrit les gènes en ARN.
Autres protéines régulatrices :ce sont des protéines qui se lient aux séquences agissant en cis et régulent la transcription des gènes de diverses manières. Par exemple, la protéine CTCF se lie au motif CCCTC dans le gène de la β-globine humaine et aide à organiser la structure chromatinienne de cette région, nécessaire à la répression du gène dans les cellules non érythroïdes.