La disparition de Nagato Yuki-chan se déroule dans une réalité alternative où Yuki Nagato est le seul membre de la brigade SOS. Les autres membres du club, dont Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina et Itsuki Koizumi, ont tous disparu. Yuki est déterminée à découvrir ce qui est arrivé à ses amis et à les ramener.
La série est racontée du point de vue de Yuki et explore ses pensées et ses sentiments alors qu'elle enquête sur les disparitions. Il se penche également sur les relations entre les membres de la brigade SOS et sur la manière dont ils ont été affectés par les disparitions.
La disparition de Nagato Yuki-chan a été saluée pour le développement de son personnage et son exploration des thèmes de l'amitié et de la loyauté. La série a également été saluée pour ses belles illustrations et son adaptation fidèle des light novels originaux.
La Disparition de Nagato Yuki-chan est une lecture incontournable pour les fans de La Mélancolie de Haruhi Suzumiya et pour tous ceux qui aiment les bons mystères.