Danforth a participé aux procès dès le début et a été présent à de nombreux interrogatoires et audiences. Il interrogeait souvent les accusés et les pressait d'avouer leur culpabilité. Il a également joué un rôle dans la détermination de la peine des accusés et a signé de nombreux arrêts d'exécution.
Les actions de Danforth pendant les procès ont été largement critiquées par les historiens et les juristes. Il est souvent considéré comme un symbole des excès des procès des sorcières de Salem et des dangers de permettre à l'hystérie et aux préjugés de prendre le pas sur la raison et la justice.