Tout au long de la chanson, Vedder réfléchit à sa relation avec sa mère, exprimant des sentiments de culpabilité et de regret. Il réfléchit à l'idée de « conserver » sa mémoire et à l'impact que sa mort a laissé sur sa vie. Les paroles abordent également les thèmes de la rédemption et de la recherche de conseils spirituels en période de deuil.
La chanson est également une réflexion sur les émotions complexes qui accompagnent la perte d’un parent, notamment la colère, le chagrin et le désir du passé. Le refrain met l'accent sur l'idée du pardon et de la recherche de la paix, comme le chante Vedder :"Je suis un homme chanceux de pouvoir compter sur mes deux mains ceux que j'aime."
« Daughter » est une chanson profondément personnelle et poignante qui parle de l'expérience universelle de la perte et du chagrin. Il nous rappelle l’impact profond que la mort d’un être cher peut avoir sur nos vies et nous encourage à trouver du réconfort dans les souvenirs qui nous sont chers.