* Rex Goodwin : Le chef des Dark Signers et le principal antagoniste de la série.
* Devack : Le premier Dark Signer à apparaître et un ancien ami de Yusei Fudo.
* Roman Goodwin : Le frère de Rex et le deuxième Dark Signer à apparaître.
* Kalinine : Un Dark Signer russe qui utilise une carte sombre pour manipuler les autres.
* Brumeux : Une femme mystérieuse qui apparaît comme le cinquième Dark Signer.
* Z-one : Un être puissant du futur qui orchestre les événements de la série. Techniquement, il n'est pas un Partisan des Ténèbres, mais il a un lien fort avec eux.
* Antinomie : Un personnage énigmatique qui apparaît aux côtés de Z-one, et est également connecté aux Dark Signers.
Il est important de noter que si les Dark Signers sont les principaux antagonistes, Z-one et Antinomy sont des personnages plus complexes avec leurs propres motivations.