Bien que le Master Ball soit un incontournable de la plupart des jeux Pokémon, il est notamment absent de Pokemon Colosseum et de sa suite, Pokemon XD :Gale of Darkness. Cette décision a probablement été prise pour souligner l'accent mis par le jeu sur la capture de Pokémon en utilisant le système "Snap", qui consiste à affaiblir la détermination des Pokémon plutôt que de simplement les assommer.
L'absence de Master Ball dans Colosseum et XD ajoute au défi unique du jeu et encourage les joueurs à maîtriser l'art de capturer des Pokémon sans l'aide de cet objet surpuissant.