Il est préférable de les considérer comme deux adaptations différentes du même manga.
* Fullmetal Alchemist (2003) est la première adaptation animée qui s'écarte du manga après un certain point.
* Fullmetal Alchemist :Fraternité (2009) est une adaptation plus fidèle de l'intégralité du manga, racontant une histoire différente de la version de 2003.
Vous devriez donc commencer par *Fullmetal Alchemist :Brotherhood* de l'épisode 1.