À la fin de Danny Phantom, Danny bat son ennemi juré Vlad Plasmius et sauve le monde de ses plans diaboliques. Il parvient également à libérer ses parents de la zone fantôme et ils sont réunis en famille. Danny et ses amis peuvent reprendre leur vie normale, mais ils sont désormais conscients du monde des fantômes et des responsabilités qui en découlent.
La série se termine avec Danny et ses amis s'envolant vers le coucher du soleil, prêts à relever tous les défis qui se présenteront à eux.