* Plantation de Nouvelle-Angleterre (1630)
* La cause de Dieu et de son peuple en Nouvelle-Angleterre (1663)
* L'État déplorable de la Nouvelle-Angleterre (1662)
* Les Œuvres de John Higginson (2 vol., 1971-1973)
Sermons
* Un sermon d'adieu (1663)
* Un sermon prêché lors de l'ordination de M. Samuel Willard (1670)
* Un sermon prêché lors de l'ordination de M. Increase Mather (1684)
* Un sermon prêché lors de l'ordination de M. Cotton Mather (1685)
Autres écrits
* Une lettre à l'Église du Christ à Charlestown (1669)
* Une réponse à la réponse des anciens des églises de la Nouvelle-Angleterre (1664)
* Une justification des églises de la Nouvelle-Angleterre (1669)