Il est surtout connu pour le journal qu'il a tenu entre 1660 et 1669, aujourd'hui reconnu comme l'une des sources primaires les plus importantes de l'histoire sociale de l'Angleterre du XVIIe siècle.
Né dans un statut social modeste mais instruit dans les classiques au Magdalene College de Cambridge, Pepys bénéficiait du patronage de parents importants et de ses propres capacités à progresser dans la fonction publique.
Il devient député de Castle Rising et de Tanger, trésorier de Tanger, commis aux actes du Conseil de la Marine, secrétaire de l'Amirauté, président de la Royal Society et maître de Trinity House.
Son célèbre journal fournit une mine d'informations sur la culture et la société de son époque, y compris des témoignages oculaires de certains des événements majeurs de l'époque, notamment le Grand incendie de Londres.
La carrière de Pepys reflète également ses liens avec la cour de la Restauration et les batailles politiques qui ont eu lieu durant cette période.
Après 1669, il fut incapable de continuer à tenir son journal en raison d'une vue défaillante.
Il a également fait face à des critiques publiques et a été démis de ses fonctions en 1679 sur une fausse accusation de sympathisant catholique.
Il fut plus tard disculpé et servit à nouveau comme secrétaire de l'Amirauté de 1684 à 1689, aidant à sécuriser la marine pour Guillaume d'Orange pendant la Glorieuse Révolution.
Pepys mourut en 1703, laissant sa bibliothèque et ses manuscrits au Magdalene College de Cambridge, où ils se trouvent encore aujourd'hui.
Son journal a été transcrit, édité et publié dans de nombreuses éditions, et il continue d'être étudié et admiré pour sa valeur historique et littéraire.