Télévision :
* La recrue (2018 - présent) : Sergent "Nyla" Harper
* Le Fil (2002-2008) : Détective "Beadie" Russell
* Six pieds sous terre (2001-2005) : Brenda Chenowith
* ER (1994-2009) : Dr Janet Coburn
* Les X-Files (1993-2018) : Dr Anne Boucle
* L'aile ouest (1999-2006) : Dr Grace Barnett
* La Bonne Épouse (2009-2016) : Juge Christine « Chrissy » Sexton
* Château (2009-2016) : Détective Ryan "Ritter" Russell
* La loi et l'ordre :Unité spéciale d'aide aux victimes (depuis 1999) : Divers rôles
* Grey's Anatomy (2005-présent) : Dr Beth Hunter
* NCIS (2003-présent) : Dr Wendy Kieffer
* Esprits criminels (2005-2020) : Dr Erica Rinehart
* Famille moderne (2009-2020) : Infirmière Pam
Cinéma :
* La Fraternité des Pantalons de Voyage (2005) : Mme Gold
* La partition parfaite (2004) : Mme Baker
* Le lendemain (2004) : Dr Lucy Hall
* Le Prince des marées (1991) : Martha McMahon
* Thelma et Louise (1991) : Carhop
* Le Silence des agneaux (1991) : Femme à la station-service
* Le Joueur (1992) : Secrétaire
Ceci n'est qu'une liste partielle, car Amy Aquino a participé à de nombreux autres projets tout au long de sa carrière. C'est une actrice polyvalente avec une forte présence sur grand et petit écran.