Dans cette série, le personnage principal, Mikey Kudo, et ses amis sont transportés dans le monde numérique et se lient aux partenaires Digimon. Cependant, au lieu d'être directement transformés, ils « fusionnent » avec leur Digimon, résultant en une forme hybride humain-Digimon appelée « Fusion Fighters ». Cela leur permet d'utiliser les capacités des Digimon et de combattre à leurs côtés.
La série explore les thèmes de l'amitié, du travail d'équipe et du dépassement des défis tout en naviguant dans les dangers du monde numérique.