D'un autre côté, le secret de l'Ordre rosicrucien, l'accent mis sur le symbolisme et la nature hiérarchique de son organisation peuvent être considérés par certains comme caractéristiques d'une secte, selon ses détracteurs. Certains anciens membres de l'Ordre rosicrucien ont également formulé des allégations de manipulation et d'exploitation financière. Toutefois, ces affirmations ne sont pas exclusivement spécifiques à l'Ordre rosicrucien et ne sont pas représentatives de tous les groupes rosicruciens.
En fin de compte, la question de savoir si l'Ordre rosicrucien est une secte est une question d'opinion et peut dépendre des expériences, croyances et perspectives personnelles de chaque individu.