Alors que les espions se démènent pour se déjouer les uns les autres, ils rencontrent des obstacles comiques qui transforment leur activité d'espionnage en un spectacle de comédie burlesque. Black Spy s'emmêle dans un yo-yo géant, tandis que White Spy se retrouve poursuivi par un essaim de poulets en caoutchouc. La flore et la faune de l'île se joignent à la folie, avec des perroquets parlants se moquant des moindres mouvements des espions et des singes espiègles volant leurs plans secrets.
Au milieu du chaos croissant, les deux espions tombent sur un laboratoire souterrain caché où ils découvrent le cerveau derrière leur rivalité sans fin :un scientifique espiègle de MAD nommé Professeur Wacko. Il s'avère que Wacko a orchestré les missions Spy vs Spy pour son propre amusement, en utilisant des déguisements télécommandés et des gadgets astucieux pour que les espions poursuivent les ombres.
Dans une scène culminante qui défie la logique et la raison, Black Spy et White Spy font équipe contre le professeur Wacko, s'engageant dans une bataille folle qui implique des tartes à la crème, des cigares qui explosent et un élastique géant. En fin de compte, les espions et le scientifique se retrouvent mêlés à une tournure alambiquée d’événements qui les laisse tous étourdis et complètement vaincus.
Alors que le rideau tombe sur l'aventure Spy vs Spy, les agents se retrouvent de retour dans leurs quartiers généraux respectifs, se demandant si leur dernière escapade n'était qu'une folle hallucination. Avec leurs sourires caractéristiques, ils ignorent les choses et se préparent pour leur prochaine mission, sachant que le monde de Spy vs Spy sera toujours rempli de surprises farfelues et de rebondissements imprévisibles.