Télévision :
* Les hommes se comportent mal (1992-1998) : Cette sitcom a propulsé Clunes dans le succès grand public, dans le rôle du charmant et malheureux Gary.
* Doc Martin (2004-présent) : Peut-être le rôle le plus emblématique de Clunes, celui du médecin bourru mais adorable de la ville de Portwenn, en Cornouailles.
* Reggie Perrin (2007-2009) : Un remake de la sitcom britannique classique "The Rise and Fall of Reggie Perrin".
* La Grande Évasion (2003) : Une mini-série en deux parties où Clunes incarne Roger Bushell.
* Jonathan Creek (2000-2016) : Apparu dans plusieurs épisodes de cette série mystérieuse en tant que meilleur ami du personnage principal, le mari de Maddy.
* Le Commandant (1998-2000) : A joué le rôle principal du commandant Jack Harper, un officier de la Royal Naval.
* Guillaume et Marie (2003-2010) : Apparu comme un personnage récurrent, le beau-frère du personnage titulaire.
* Le Palais (2008) : A joué le rôle d'un membre de la famille royale dans cette série comique satirique.
* Chasse à l'homme (2019) : A interprété le DCI Colin Sutton dans cette série de vrais crimes sur la capture de Levi Bellfield.
* Le Nez de la Reine (2001) : A exprimé le personnage du chien qui parle, "Queen's Nose", dans cette série pour enfants.
Films :
* Battement de coeur (1992) : Clunes a joué dans la version cinématographique de la populaire série ITV.
* Les Lacs (2000) : Un thriller romantique où Clunes incarne un homme obsédé par une femme.
* La Machine à voyager dans le temps (2002) : A joué le rôle d'Alexander Hartdegen, un scientifique qui voyage vers le futur.
* Le dernier détective (2003) : Un thriller policier basé sur une série de romans de l'auteur Michael Connelly.
* Trois et dehors (2011) : Une comédie noire où Clunes incarne un footballeur vieillissant.
* La Légende de Barney Thomson (2015) : Une comédie noire où Clunes incarne un barbier qui devient accidentellement un tueur en série.
* SuperBob (2015) : Il incarne un homme aux manières douces qui est obligé de devenir un super-héros.
Il ne s'agit pas d'une liste exhaustive, mais elle comprend certains de ses projets les plus remarquables et les plus connus.