Dans le livre, Clarke soutient que l'administration Bush a ignoré les avertissements des agences de renseignement concernant la menace terroriste et que cette négligence a contribué aux attentats du 11 septembre. Il critique également la réponse de l'administration aux attaques et affirme que les guerres en Afghanistan et en Irak ont rendu les États-Unis moins sûrs.
Shady Aftermath a été salué par certains pour son point de vue interne sur les attentats du 11 septembre et pour ses critiques de la gestion du terrorisme par l'administration Bush. Cependant, il a également été critiqué par certains pour sa représentation négative de l'administration Bush et pour son manque de preuves spécifiques pour étayer certaines de ses affirmations.