L'histoire se concentre sur le voyage de Ru sur la découverte de soi et son sacrifice pour sauver le prince, Fakir, qu'elle aime. Elle choisit finalement de vivre en tant que personnalité "Princess Tutu", une entité puissante et altruiste, plutôt que de poursuivre une relation amoureuse.
Bien qu'il y ait un courant sous-jacent romantique entre Ru et Fakir, l'histoire conclut par elles ne se retrouvant pas ensemble dans un sens romantique traditionnel. Cela laisse la place à l'interprétation concernant la nature de leur relation et la possibilité que leur lien évolue à l'avenir.