Un jour, Laura reçoit une nouvelle patiente, une jeune fille prénommée Cristina, muette depuis que ses parents ont été tués dans un accident de voiture. L'état traumatisé de Cristina est dû à l'accident de voiture qui a également coûté la vie à ses parents, lui laissant une profonde cicatrice psychologique.
Alors que Laura commence à travailler avec Cristina, elle découvre que la jeune fille n'est pas la seule enfant du centre aux prises avec des problèmes émotionnels profondément enracinés. Chaque enfant a son histoire unique de douleur et de traumatisme.
Laura développe rapidement un lien avec Cristina et les autres enfants alors qu'ils s'ouvrent à elle et lui confient leurs peurs et leurs secrets les plus profonds. Elle apprend que beaucoup ont été victimes de maltraitance, de négligence et d'abandon. Leurs cicatrices émotionnelles sont profondes et les ont laissés perdus et seuls.
Déterminée à les aider à guérir, Laura utilise diverses techniques thérapeutiques pour les aider à gérer leur traumatisme et à entamer le chemin du rétablissement. Grâce à l'art-thérapie, à la musicothérapie et aux séances de groupe, les enfants commencent à exprimer leurs émotions refoulées et reconstruisent lentement leur confiance dans le monde.
Tout au long du film, il est révélé que Laura elle-même n'est pas à l'abri des conflits émotionnels. Elle porte ses traumatismes et ses angoisses personnelles, issus de son enfance, auxquels elle est confrontée lorsqu'elle s'engage avec les enfants.
En s'immergeant dans la vie des enfants et dans leur processus de guérison, Laura commence à nouer des liens solides avec eux. Leurs histoires la touchent profondément et elle devient déterminée à les aider à trouver le bonheur et l’espoir pour l’avenir.
Cependant, le directeur du centre, Simón, s'inquiète de l'implication intense de Laura auprès des enfants et de son approche thérapeutique non conventionnelle. Il pense que cela pourrait être nuisible plutôt que bénéfique. Laura devient frustrée par son scepticisme et ses méthodologies contradictoires, et la tension entre eux s'intensifie.
Dans une scène charnière, Cristina décide d'affronter son chagrin refoulé en parlant enfin de l'accident de voiture et de la perte de ses parents. Son acte de courage incite les autres enfants à affronter leurs propres démons, ce qui aboutit à une percée puissante.
Au fur et à mesure que les enfants progressent dans leur parcours de guérison, ils commencent à nouer des amitiés profondes et à se soutenir mutuellement grâce à leurs expériences partagées. Laura est témoin de leur transformation et réalise l'impact positif qu'elle a eu dans leur vie.
Cependant, le film prend une tournure sombre lorsque Simón insiste pour administrer une thérapie par électrochocs à l'un des enfants, affirmant que c'est le seul moyen efficace de les guérir. Laura s'oppose avec véhémence à ce traitement, craignant qu'il ne nuise aux enfants.
Dans une confrontation climatique, Laura expose les pratiques contraires à l'éthique du centre aux autorités, ce qui conduit à l'arrestation de Simón. Le centre est fermé et les enfants sont placés dans des structures d'accueil plus adaptées.
Par la suite, Laura réfléchit à l’impact qu’elle a eu sur les enfants et aux leçons qu’elle en a tirées. « Enfants » constitue en fin de compte un commentaire puissant sur la résilience et la force des enfants qui ont fait face à un immense traumatisme et sur le rôle crucial de l'empathie et de la compréhension pour les aider à guérir.