Le jeu vous attribue un chef de deck spécifique en fonction du chemin que vous avez choisi, et vous êtes coincé avec ce personnage pendant toute la partie. Les chefs de deck et leurs chemins correspondants sont :
* Aïcha :Le "Chemin de Lumière"
* Jaden :Le "Chemin des Ténèbres"
* Blair :Le "Chemin du Chaos"
Chaque chemin comporte des scénarios, des événements et des compositions de deck uniques. Vous ne pouvez pas les modifier une fois le jeu lancé.
Si vous souhaitez jouer avec un autre chef de deck, vous devrez démarrer une nouvelle partie et choisir un chemin différent.