Il n'y a pas de thème unique et concret pour le mod, mais plusieurs éléments clés contribuent à son atmosphère générale :
* Nostalgie : Le mod s'inspire fortement des jeux vidéo classiques 8 bits et 16 bits, en particulier ceux des époques NES et SNES. Il rend hommage à ces jeux en imitant leur style pixel art, leurs mécanismes de jeu et même des références à des titres spécifiques.
* Humour : Le mod est connu pour son humour décalé, souvent exprimé à travers ses visuels, les descriptions d'objets et même les dialogues en jeu. Il penche vers un ton léger et idiot, offrant une expérience ludique.
* Défi : Malgré sa nature fantaisiste, le mod offre un défi de taille. Il présente des ennemis difficiles, une conception de niveau complexe et une large gamme d'objets puissants, obligeant les joueurs à s'adapter et à élaborer des stratégies pour survivre.
* Exploration : Avec ses nombreuses pièces cachées, ses objets secrets et ses divers défis, le mod encourage l'exploration et la découverte. Les joueurs sont récompensés pour avoir recherché des secrets et maîtrisé les subtilités du jeu.
Dans l'ensemble, "Isaac the Alchemist:Fun They Had" présente un mélange unique de nostalgie, d'humour et de défi du jeu classique, créant une expérience amusante et engageante pour les joueurs familiers à la fois avec "The Binding of Isaac" et les jeux vidéo classiques.