Tchaïkovski est décédé le 6 novembre 1893 (25 octobre selon l'ancien calendrier julien russe) du choléra, qui constituait à l'époque un grave problème de santé publique et qui pouvait se propager rapidement si l'eau infectée était consommée sans le savoir. Bien que cela puisse paraître « inhabituel » à beaucoup aujourd’hui, les épidémies de choléra n’étaient pas particulièrement rares à l’époque.
À cette époque, une épidémie de choléra sévissait autour de Saint-Pétersbourg (aujourd’hui Leningrad en Russie), où résidait Tchaïkovski. Il a malheureusement contracté la bactérie, ce qui a gravement affecté sa santé pendant plusieurs jours, contribuant finalement à sa mort.
Pour éviter les spéculations et les controverses ultérieures, le diagnostic des médecins indiquait une infection probable due à de l'eau contaminée ou à des aliments non bouillis que Tchaïkovski aurait pu consommer par inadvertance. Il n’existe aucune théorie inhabituelle sur sa disparition, hormis sa maladie entraînant la mort.