La musique de Gottschalk est souvent décrite comme « nationaliste » car elle incorpore des éléments de la musique folk américaine et de la musique populaire. Il a également utilisé des spirituals afro-américains et d'autres éléments de la musique afro-américaine dans ses compositions. La musique de Gottschalk se caractérise souvent par son utilisation de la syncope, de l'improvisation et de la technique virtuose du piano.
Certaines des compositions les plus célèbres de Gottschalk incluent « Bamboula », « The Banjo », « The Union » et « The Last Hope ». Ces morceaux de musique sont tous représentatifs du style unique de Gottschalk et de son engagement à créer une musique typiquement américaine.