Petrucci utilise les guitares Ernie Ball Music Man depuis le début des années 1990, et ses modèles signature comptent parmi les guitares les plus populaires au monde. Ses modèles signature incluent le John Petrucci Majesty, le John Petrucci BFR et le John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci a également utilisé des guitares Ibanez dans les années 80 et au début des années 90. Sa guitare Ibanez la plus célèbre est l'Ibanez RG550, qu'il a utilisée sur les deux premiers albums de Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci a également utilisé des guitares Fender Stratocaster à l'occasion, en particulier pour les sons clairs et blues.