* Piano : Il a mentionné jouer du piano dans des interviews et a même joué dessus dans certains de ses rôles.
* Guitare : On l'a vu jouer de la guitare lors de certaines de ses apparitions à la télévision et a même joué avec un groupe.
* Batterie : Il a montré ses talents de batteur lors de quelques apparitions.
* Ukulélé : Il a un ukulélé chez lui et a manifesté son intérêt à l’apprendre.
Bien qu'il ne soit pas un musicien professionnel, Neil Patrick Harris semble aimer jouer de divers instruments pour le plaisir et les a même incorporés dans son travail.