La flûte dispose également d'un système de clé qui permet au joueur d'ouvrir et de fermer facilement et rapidement les trous de tonalité. Ce système de clé se compose d'une série de leviers et de tiges reliés aux trous de tonalité. Lorsqu'une touche est enfoncée, elle ouvre le trou de tonalité correspondant, et lorsqu'une touche est relâchée, elle ferme le trou de tonalité correspondant.
En faisant varier la longueur de la colonne d'air et en ouvrant et fermant les trous de tonalité, le flûtiste peut produire une large gamme de notes. La note la plus basse qu'une flûte peut produire est le do en dessous du do médian, et la note la plus haute qu'une flûte peut produire est le do trois octaves au-dessus du do médian.