- Musique d'orchestre :
- Concertos brandebourgeois (1721)
- Suites d'orchestre (1720-1723)
- Concertos pour violon (1717-1723)
- Musique du clavier :
- Le Clavier bien tempéré (1722, 1744)
-Variations Goldberg (1741)
- Suites françaises (1722-1725)
- Inventions et Symphonies (1723)
- Musique d'orgue :
- Toccata et Fugue en ré mineur (vers 1703-1707)
- Passacaille et Fugue en do mineur (vers 1708)
- Prélude et Fugue en sol majeur (vers 1730-1735)
- Musique vocale :
- Passion selon saint Matthieu (1727)
- Passion selon saint Jean (1724)
-Magnificat (1723)
- Oratorio de Noël (1734-1735)
- Autres travaux :
- Das Musikalische Opfer (L'Offrande Musicale) (1747)
- L'Art de la Fugue (vers 1749-1750)
- Cantates (plus de 200)
- Messes (6)