Aphex Twin joue une variété d'instruments, notamment le synthétiseur, l'échantillonneur, la boîte à rythmes et le séquenceur. Il est également connu pour son utilisation d'ordinateurs et de logiciels pour créer sa musique. Il a utilisé divers logiciels, notamment Ableton Live, Logic Pro et Max/MSP.
La musique d'Aphex Twin se caractérise souvent par ses rythmes complexes, ses mélodies complexes et ses sons expérimentaux. Il est considéré comme l’un des musiciens électroniques les plus influents de sa génération.