Tout au long de la chanson, Bieber fait référence au concept de prière comme outil puissant pour se connecter avec une puissance supérieure et trouver la paix en période d'incertitude. Les paroles explorent l’idée de tendre la main à Dieu pour obtenir de l’aide, du réconfort et la force de surmonter les obstacles.
La chanson aborde également le thème de la vulnérabilité humaine. Bieber reconnaît ses propres faiblesses et le poids de ses luttes, mais il exprime également un sentiment d'espoir et de foi face à l'adversité. Les paroles suggèrent que la prière lui procure un sentiment de force intérieure et de résilience, lui permettant d'affronter les défis avec courage et persévérance.
Dans l'ensemble, la chanson « Pray » transmet le message de rechercher un soutien et des conseils spirituels dans les moments difficiles, et de trouver du réconfort et de la force par la prière. Il met l’accent sur le pouvoir de la foi et sur la conviction que se tourner vers une puissance supérieure peut aider les individus à surmonter leurs difficultés personnelles et à trouver l’espoir face aux défis.