1. Récupérez les sept émeraudes du chaos : Ceux-ci sont dispersés dans les niveaux du jeu et vous en aurez besoin pour atteindre la bataille finale.
2. Affrontez Dark Gaia à la fin du jeu : Après avoir récupéré les sept Chaos Emeralds, vous affronterez Dark Gaia sous sa vraie forme, une bête massive à plusieurs têtes.
3. Utilisez le pouvoir des Émeraudes du Chaos : Vous utiliserez le pouvoir combiné des émeraudes pour purifier Dark Gaia. Cela implique d'utiliser la forme "Super Sonic", qui est débloquée en collectant les sept Chaos Emeralds.
4. Effectuer la purification : Sous forme Super Sonic, vous déclencherez une puissante attaque sur Dark Gaia. Cette attaque ne tue pas Dark Gaia mais le purifie, rétablissant l'équilibre du monde et le ramenant à sa forme originale.
L'histoire du jeu se concentre sur l'idée de restauration plutôt que de tuer purement et simplement. Dark Gaia, bien que destructrice, fait finalement partie de l'équilibre du monde, et le but est de lui redonner la place qui lui revient.