Dans le jeu, vous choisissez votre Pokémon de départ parmi une sélection de trois :
* Chimchar (Feu)
* Turtwig (herbe)
* Piplup (Eau)
Le jeu ne vous permet pas de choisir d'autres Pokémon, y compris Totodile, comme partenaire de départ.
Cependant, il existe des moyens de rencontrer et d'interagir avec Totodile dans le jeu :
* Recrutement : Vous pouvez rencontrer Totodile au cours de vos aventures et potentiellement le recruter dans votre équipe, comme n'importe quel autre Pokémon.
* Échange : Vous pouvez échanger des Pokémon avec d'autres joueurs en ligne ou via une connexion sans fil locale, ce qui pourrait vous permettre d'obtenir un Totodile.
* Événements spéciaux : Il peut y avoir des événements à durée limitée ou du contenu téléchargeable présentant de nouveaux Pokémon, notamment Totodile.
Pour incarner Totodile, vous devez vous tourner vers d'autres jeux Pokémon Donjon Mystère ou du contenu créé par des fans.