1. Dialga libérera les Time Gears qu'il avait absorbés, rétablissant ainsi l'écoulement du temps à la normale.
2. Le joueur et son partenaire retourneront à Treasure Town.
3. Dialga apparaîtra et expliquera au joueur et à son partenaire que ses actions étaient nécessaires pour éviter une catastrophe plus grave. Il révèle qu'une force connue sous le nom de « Matière noire » manipule le temps et provoque diverses distorsions et problèmes dans le monde.
4. Dialga charge le joueur et son partenaire d'arrêter la matière noire.
5. Après cette conversation, l'histoire continuera avec le joueur et son partenaire explorant des donjons, combattant des Pokémon et recrutant de nouveaux membres de l'équipe alors qu'ils s'efforcent de découvrir la vérité derrière Dark Matter et de mettre un terme à ses plans infâmes.