Le plan commence avec Cyrus exploitant la puissance des puissants Pokémon légendaires Cresselia et Darkrai. On dit que Cresselia contrôle le pouvoir lunaire et peut exaucer les vœux, tandis que Darkrai est associé aux ténèbres et aux cauchemars. En combinant leurs capacités, Cyrus a l'intention de créer le Monde Distorsion et de modifier la réalité.
Pour mettre son plan à exécution, l'Empire Galactique cherche à contrôler la région de Sinnoh, où résideraient Cresselia et Darkrai. Ils établissent diverses bases à travers Sinnoh et s'engagent dans des batailles contre le personnage du joueur et son équipe. L'une de leurs cachettes notables est le QG Galactique de Veilstone City, qui sert de plaque tournante principale pour leurs opérations.
Au fur et à mesure que le joueur progresse dans le jeu, il rencontre des membres de l'Empire Galactique et dévoile ses plans. Le moment culminant se produit lorsque le joueur atteint la cachette secrète de Team Galactic, le pilier de la lance, où Cyrus tente de créer le monde de distorsion.
Le joueur doit faire face à des batailles difficiles contre les Grunts Galactiques, les Commandants et même Cyrus lui-même. S'il réussit à vaincre Cyrus, le joueur peut finalement empêcher l'achèvement de son plan et rétablir la paix dans la région de Sinnoh.
Le plan ingénieux de Pokemon Light Platinum sert de récit central à l'intrigue du jeu et prépare le terrain pour une aventure épique remplie de batailles, d'énigmes et de rencontres avec des Pokémon légendaires.