L'histoire du jeu tourne autour de "Eggman Empire". un groupe de robots et de monstres contrôlés par le Dr Eggman. Cet empire est composé de divers « serviteurs d'Eggman », chacun ayant des capacités et des apparences uniques.
Tandis que certains de ces serviteurs, comme le "Egg Pawn" et "Egg Hornet" sont familiers, d’autres sont plus mystérieux. Les plus communément appelés « monstres mystérieux » comprennent :
* "Œuf de Cerbère ": Un robot ressemblant à un chien à trois têtes doté d'une puissante perceuse.
* « Œuf de Golem » : Un robot massif et lent avec un gros marteau.
* "Roi des œufs" : Un robot géant ressemblant à un trône doté de puissants lasers.
Ce ne sont là que quelques exemples, et de nombreux autres robots et monstres uniques et sans nom apparaissent tout au long du jeu, ajoutant au mystère et à l'intrigue.
Ainsi, même s'il n'existe pas un seul « monstre mystérieux », la présence collective de ces personnages uniques et intrigants contribue à l'atmosphère captivante et mystérieuse de Sonic Heroes.