Groudon (type sol)
* Trouvé dans la Grotte d'Origine après avoir vaincu les Quatre Élites et être devenu Champion.
* Ne peut être capturé qu'après avoir obtenu l'Orbe rouge.
Kyogre (type Eau)
* Trouvé dans la Grotte d'Origine après avoir vaincu les Quatre Élites et être devenu Champion.
* Ne peut être capturé qu'après avoir obtenu l'Orbe Bleu.
Rayquaza (type Dragon/Vol)
* Trouvé dans le Pilier du Ciel après la défaite de Groudon et Kyogre.
* Ne peut être capturé qu'après avoir obtenu l'orbe rouge et l'orbe bleu.
Regirock (type Rock)
* Trouvé dans l'ancien temple du désert, accessible après avoir obtenu les trois clés Regi.
* Vous devez activer le temple en utilisant les touches dans un ordre spécifique.
Regice (type Glace)
* Trouvé dans l'ancien temple du désert, accessible après avoir obtenu les trois clés Regi.
* Vous devez activer le temple en utilisant les touches dans un ordre spécifique.
Registeel (type acier)
* Trouvé dans l'ancien temple du désert, accessible après avoir obtenu les trois clés Regi.
* Vous devez activer le temple en utilisant les touches dans un ordre spécifique.
Latias (type Dragon/Psychique)
* Trouvé dans l'Île du Sud après avoir obtenu la Flûte Eon.
* Uniquement disponible après avoir obtenu la Flûte Eon.
Latios (type Dragon/Psychique)
* Trouvé dans l'Île du Sud après avoir obtenu la Flûte Eon.
* Uniquement disponible après avoir obtenu la Flûte Eon.
Jirachi (type Acier/Psychique)
* Trouvé dans la Maison du Faiseur de Vœux après avoir obtenu la Pierre Étoile.
* Il s'agit d'une rencontre rare et vous devrez utiliser la Pierre Étoile pour la réveiller.
Mew (type psychique)
* Techniquement non disponible via un jeu normal. Nécessite un pépin ou un appareil de triche pour l'acquérir.
Remarque : Bien que vous puissiez techniquement obtenir Mewtwo dans Pokémon Émeraude, ce n'est pas une rencontre légendaire. Il se trouve dans le manoir Pokémon abandonné dans la région de Slateport City.