Il existe 25 natures différentes dans le jeu, chacune ayant ses propres effets positifs et négatifs sur des statistiques spécifiques. Par exemple, un Pokémon avec une Nature Robuste n'a aucun ajustement de statistiques, tandis qu'un Pokémon avec une Nature Jolly a une augmentation de sa Vitesse et une diminution de son Attaque Spéciale.
Comprendre et gérer Natures est crucial pour constituer une équipe Pokémon efficace, car ils peuvent avoir un impact sur les forces et les faiblesses globales des Pokémon. Les joueurs peuvent rencontrer et recruter des Pokémon avec des Natures spécifiques tout en explorant des donjons ou en utilisant la fonction Wonder Mail pour se connecter avec d'autres joueurs.