Il y a également des limites sur le nombre de certaines cartes que vous pouvez avoir dans votre deck :
* Pont principal : Vous ne pouvez avoir que 3 copies d'une carte spécifique dans votre deck principal, à l'exception des monstres de base qui n'ont pas de limite (comme "Elemental HERO Shadow Mist").
* Deck supplémentaire : Le nombre de cartes Extra Deck que vous pouvez posséder varie en fonction du format. Par exemple, au format "Master Duel", vous pouvez avoir 15 cartes dans votre Extra Deck, tandis que le format "TCG" permet de 15 cartes dans l'Extra Deck.
N'oubliez pas que vous ne pouvez pas avoir plus d'un exemplaire d'une carte dans l'Extra Deck.