Les compteurs de dégâts sont placés sur la case des compteurs de dégâts d'un Pokémon, située dans le coin inférieur gauche de la carte. La boîte des marqueurs de dégâts peut contenir jusqu'à 10 marqueurs de dégâts, et lorsqu'elle est pleine, le Pokémon est assommé.
Des marqueurs de dégâts peuvent être placés sur un Pokémon par diverses attaques. Certaines attaques infligent une quantité spécifique de dégâts, tandis que d'autres infligent des dégâts en fonction des statistiques du Pokémon attaquant. Certaines attaques peuvent également causer des dégâts indirects, comme par exemple en empoisonnant ou en brûlant le Pokémon de l'adversaire.
Lorsqu'un Pokémon est mis KO, il est placé dans la pile de défausse. Le joueur qui a éliminé le Pokémon pioche alors une carte Récompense. Les cartes de récompense peuvent être utilisées pour renforcer votre Pokémon ou pour piocher plus de cartes de votre deck.
Les compteurs de dégâts sont une partie importante du jeu de cartes à collectionner Pokémon, car ils aident à suivre la progression du jeu et à déterminer quels Pokémon sont encore en jeu.