Pendant le jeu, les cartes peuvent être défaussées pour diverses raisons, telles que :
- Jouer certaines cartes d'entraîneur et Pokémon qui nécessitent que d'autres cartes soient défaussées en guise de coût
- Défaussement suite à certaines attaques, capacités ou effets
- Défausser volontairement des cartes de la main pour piocher des cartes du paquet à la fin du tour
- Pénalité en cas de non-respect de certaines règles de jeu, comme tenter de jouer trop d'énergie de base dans un même tour.