Le drapeau officiel du comté de St Charles est marron et blanc et comporte un cercle blanc proéminent avec une croix marron posée dessus. La couleur marron représente le courage, le zèle et la ferveur. La couleur blanche symbolise la pureté, la vérité et la foi. La croix blanche proéminente symbolise le patrimoine du comté et l'influence de l'Église catholique dans la région depuis les premières colonies françaises.